Uma técnica utilizada na Universidade Federal de São Paulo (Unifesp) conseguiu, pela primeira vez no Brasil, sequenciar diretamente o RNA do Sars-CoV-2, o vírus causador da covid-19. A técnica permite mapear o genoma viral com aproximadamente 25 vezes mais resolução do que os métodos convencionais de sequenciamento. Assim, é possível ter uma noção mais precisa da biologia do patógeno e de como seu genoma está evoluindo. Os resultados da pesquisa, que foi realizada com uma das primeiras linhagens do Sars-CoV-2 isoladas no Brasil no início de 2020, foram divulgados em artigo ainda sem revisão por pares na plataforma bioRxiv.
“A técnica de sequenciamento direto do RNA permite verificar se as cepas mais virulentas ou contagiosas têm mais ou menos metilação das bases RNA. Portanto, além da variação genética já conhecida das alterações de bases e aminoácidos, pode existir uma variação no nível epigenético. Nossos dados preliminares sugerem potenciais alterações nas variantes Beta e Eta e serão alvo de nossos próximos experimentos. Outras variantes serão analisadas também”, explicou Marcelo Briones, pesquisador do Centro de Bioinformática Médica da Escola Paulista de Medicina (EPM/Unifesp) - Campus São Paulo e coordenador da investigação.
De acordo com Briones, o Sars-CoV-2 é um vírus de RNA de fita simples, ou seja, seu material genético é composto por um único filamento de nucleotídeos, cujas bases são guanina, adenosina, citosina e uracila. Para sequenciá-lo pelo método convencional, recorre-se a uma técnica conhecida como RT-PCR (polimerase por transcriptase reversa, na sigla em inglês) para converter as moléculas de RNA em DNA complementar (cDNA) – lembrando que a molécula de DNA é formada por dois filamentos de nucleotídeos. Ou seja, faz-se uma cópia complementar da fita de RNA do vírus. Em seguida, essas moléculas de cDNA são amplificadas (geram-se bilhões de clones) e sequenciadas. Entre as vantagens da estratégia estão a rapidez e a possibilidade de fazer o sequenciamento mesmo em amostras com pouquíssimo material genético.
Tecnologia
Os pesquisadores da Unifesp foram os primeiros a realizar o sequenciamento direto de RNA do Sars-CoV-2 acoplado à identificação das bases m6A. O trabalho foi conduzido no âmbito do Projeto Temático Investigação de elementos induzidos pela resposta vacinal nos indivíduos submetidos aos testes clínicos com a vacina ChAdOx1 nCOV-19, coordenado pelo professor Luiz Mário Janini. Também participaram os pesquisadores Juliana Maricato e Fernando Antoneli.
O próximo passo do estudo será sequenciar o RNA genômico das variantes do Sars-CoV-2 identificadas recentemente e investigar se há diferenças significativas no padrão de metilação.